Las dificultades a las que se enfrentan estas personas son, además de las de las personas heterosexuales o que entran dentro de los estándares, desde la dificultad por aceptar su condición sexual, que suele comenzar por un estado de confusión hasta poder exteriorizarlo con naturalidad.En muchas ocasiones, tras la confusión, suele haber un estado de negación, o si la persona tiene más facilidad en aceptar su condición sexual y en expresarlo, puede verse inmersa en presiones familiares, externas… o incluso del rechazo por parte de su entorno, lo cual genera estrés, ansiedad y suele mitigar su autoestima.

Los psicólogos solemos trabajar para disminuir creencias erróneas de culpa, de vergüenza, de sentirse inferior, trabajamos para el aumento de la autoestima… Se suele detectar una hiperalerta,es decir, están a la espera de críticas, de ataques… y cuando estas llegan, se da un círculo vicioso, esta alerta se incrementa.

En el caso de la transexualidad, (se entiende por transexual aquella persona que siente la existencia de una incongruencia continuada en el tiempo entre su sexo biológico y su identidad de género)suele ser algo más complejo o mucho más (según la persona y su entorno) , ya que la persona sufre o siente una gran incongruencia por verse en un cuerpo que no le corresponde, suele sufrir además por la incomprensión externa y por no adaptarse a los estándares sociales, y si inicial el cambio de sexo, pasa por un proceso médico y de hormonación con probables cambios de ánimo que también les genera estrés, aunque estos son temporales.